水冷式机架可以通机柜门或其他路径传输冷却水。水冷式机架能能够解决大部分发热问题——尤其当只靠低温空气和高温空气对流散热不起作用时。中浸没式冷却技术可以将服务器浸入充满像矿物油，却非导电、非腐蚀性冷却物质的浴缸中。这种技术有望实现高效率、几乎没有噪声以及接近零损耗的热传输。
由于机架服务器内部空间限制，扩展性受到“拖累”，例如1U的服务器大都只有1到2个PCI扩充槽。此外，散热性能也是一个需要注意的问题，且还需要有机柜等设备，因此机架服务器多用于服务器数量较多的大中型企业使用，但也有不少企业将服务器托管于服务商。
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